前后三个月的时间，朱由校下旨诛杀卫所乱兵数以万计，让全天下看见了自己推行卫所军改的决心。
卫所几十万大军化为云烟，但是残存的卫所兵依旧很多。
陕西十二个卫，有八个指挥使造反，十一个设于要冲之地的守御千户所，全部造反。
这些造反的军头们，无一例外全部销声匿迹，或死于乱军，或如孙立一样被斩首示众。
余下四个在乱时没有造反的卫指挥使，也都是心惊胆颤，早先便缴纳了名下全部田亩的田册，称愿伏法。
自此，整个陕西全部的卫所，重新归为右军都督府统辖。
朱由校利用五军都督府掌管全国卫所的计划，正在一步步实施。
离开西安的五天之后，勇卫营的队伍还没有走出陕西境内。
一个夜深人静的晚上，朱由校正坐在御帐内，对着昏黄的烛光，下笔如飞地写下一道道政令。
陕西卫所的形势已经明朗，清查十二卫及十一千户所军屯的行动，更是已经畅行无阻。
在整顿卫所的同时，朱由校也顺手把根深蒂固的白莲教收拾了一遍，捣毁了包括白莲教陕西香坛在内的三十余处分坛。
白莲教隐藏得极深，虽然这次还是没有剿灭干净，但是朱由校知道，这起码能令他们在未来的几十年内没有办法继续呼风唤雨，这就够了。
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