各个村寨和乡镇设村长或镇长，还设一名书记官和财政官，负责文书和财物工作，这三名村官下面还有各个里长，以明朝的里甲制度为基础，由一名里长和十名甲首维持村寨的治安，每年轮换一批。
之前负责维护个村寨治安的关帝军，则逐渐退出各个村寨。
包括罗大牛、李顶梁、刘有柱、罗八、老黄等人，也逐渐退出民政管理，实行军政分离，军队只负责打仗，民政交给王继宗和文成等人去管。
以前人少的时候，秦川走的时候大锅饭路线，他手底下的人吃喝拉撒全由公中支付，像王继宗一个月五两月钱，一日三餐由公中包了。
但地盘扩大，且手底下人数众多之后这种法子就行不通了。
因此，秦川重新制定了一套薪酬体系，考虑到如今粮食的价格已经高达二两银子一石，他不可能把工钱提高到粮食价格的标准，于是便采用工钱加粮食补贴的方式，并建立明确俸禄的等级体系。
比如王继宗等几名司长的俸禄高达六两，每个月补贴两石粮食，而户政司一名普通的主事，则只有二两俸禄，粮食补贴一石，基层的小吏更是只有一两俸禄和八斗粮食补贴。
明朝一个未入流的小吏，月俸禄就有三石粮食，相比之下秦川制定的俸禄并不高。
但他麾下一名小吏每个月一两银子能买五斗粮，加补贴也有一石三斗左右，能养活一家五口，对于很多落魄士子来说，已不算低了。
再过几年，粮食价格回落之后，现银的俸禄价值也自然会提高。
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